Have NPM put dependencies inside dependencies when running "npm install"? - json

Question

So I have a package.json that looks like this:
{
"name": "node-api",
"main": "server.js",
"dependencies": {
"express": "~4.0.0",
"mongoose": "~3.6.13",
"body-parser": "~1.0.1"
}
}
When I run "npm install" on Ubuntu I get a tree structure in node_modules that looks like this:
.
├── body-parser
│   ├── lib
│   │   └── types
│   └── node_modules
│   ├── bytes
│   ├── content-type
│   ├── debug
│   │   └── node_modules
│   ├── depd
│   │   └── lib
│   ├── http-errors
│   │   └── node_modules
│   ├── iconv-lite
│   │   ├── encodings
│   │   └── lib
│   ├── on-finished
│   │   └── node_modules
│   ├── qs
│   │   ├── dist
│   │   ├── lib
│   │   └── test
│   ├── raw-body
│   │   └── node_modules
│   └── type-is
│   └── node_modules
├── express
│   ├── lib
│   │   ├── middleware
│   │   └── router
│   └── node_modules
│   ├── accepts
│   │   └── node_modules
│   ├── array-flatten
│   ├── content-disposition
│   ├── content-type
│   ├── cookie
│   ├── cookie-signature
│   ├── debug
│   │   └── node_modules
│   ├── depd
│   │   └── lib
│   ├── escape-html
│   ├── etag
│   ├── finalhandler
│   │   └── node_modules
│   ├── fresh
│   ├── merge-descriptors
│   ├── methods
│   ├── on-finished
│   │   └── node_modules
│   ├── parseurl
│   ├── path-to-regexp
│   ├── proxy-addr
│   │   └── node_modules
│   ├── qs
│   │   ├── lib
│   │   └── test
│   ├── range-parser
│   ├── send
│   │   └── node_modules
│   ├── serve-static
│   ├── type-is
│   │   └── node_modules
│   ├── utils-merge
│   └── vary
└── mongoose
├── examples
│   ├── aggregate
│   ├── express
│   │   └── connection-sharing
│   ├── geospatial
│   ├── globalschemas
│   ├── lean
│   ├── mapreduce
│   ├── population
│   ├── promises
│   ├── querybuilder
│   ├── replicasets
│   ├── schema
│   │   └── storing-schemas-as-json
│   └── statics
├── lib
│   ├── drivers
│   │   ├── browser
│   │   └── node-mongodb-native
│   ├── error
│   ├── schema
│   ├── services
│   └── types
└── node_modules
├── async
│   └── lib
├── bson
│   ├── alternate_parsers
│   ├── browser_build
│   ├── lib
│   └── tools
├── hooks-fixed
├── kareem
│   └── test
├── mongodb
│   ├── lib
│   ├── node_modules
│   └── test_boot
├── mpath
│   ├── lib
│   └── test
├── mpromise
│   ├── lib
│   └── test
├── mquery
│   ├── lib
│   ├── node_modules
│   └── test
├── ms
├── muri
│   ├── lib
│   └── test
├── regexp-clone
│   └── test
└── sliced
├── lib
└── test
123 directories
I only am showing 4 levels deep of the directory tree but the top level are just the 3 "dependencies" in my packages.json. I like this because it keeps everything nice and organized.
Here is how it shows up on my Mac:
.
├── accepts
├── array-flatten
├── async
├── bluebird
├── body-parser
├── bson
├── bytes
├── content-disposition
├── content-type
├── cookie
├── cookie-signature
├── core-util-is
├── debug
├── depd
├── destroy
├── ee-first
├── es6-promise
├── escape-html
├── etag
├── express
├── finalhandler
├── forwarded
├── fresh
├── hooks-fixed
├── http-errors
├── iconv-lite
├── inherits
├── ipaddr.js
├── isarray
├── kareem
├── media-typer
├── merge-descriptors
├── methods
├── mime
├── mime-db
├── mime-types
├── mongodb
├── mongodb-core
├── mongoose
├── mpath
├── mpromise
├── mquery
├── ms
├── muri
├── negotiator
├── on-finished
├── parseurl
├── path-to-regexp
├── proxy-addr
├── qs
├── range-parser
├── raw-body
├── readable-stream
├── regexp-clone
├── send
├── serve-static
├── sliced
├── statuses
├── string_decoder
├── type-is
├── unpipe
├── utils-merge
└── vary
I personally hate that because you can't tell why a certain dependency is there if your project gets big, and it can get messy real fast.
Both computers are running npm 2.14.7 and node 4.2.2. Is there any way to make it store dependencies in the structure of the first tree that I showed?